あまり参考にならないかもしれませんが……
人間って、幼いころは男女の区別が薄いんですよね。
なのでショタキャラを描いて女性キャラに見られても仕方ないところはあると思います。

その上でもうちょっと男っぽく見えるようにするにはどうしたらいいのかというと……うーん
例えば、首を太くするとか、肩をごつく描くとか……
やっぱり、、あまり男らしくするとやっぱりショタっぽくはならなくなると思います；
　
いろいろ試行錯誤して自分なりの落とし所をみつけるしかないかも？

髪の長いキャラクターをバストアップで性別判定しろと言われても大体9割の人が女の子だというのではないでしょうか…？

ましてやセルアさんの絵は単純で色数も少なく立体感がありませんので、更に難しいと思われます。
バストアップで動きのない絵では寝起きというシチュエーションなのかもイマイチよくわかりません。

髪の長い男の子を描くのであれば、全身を描いてポーズで男の子っぽさを出すとか（布団の上であぐらをかいていたり）
簡単なところでは眉毛を少し太くしてみるとか全体の丸みをなくしてみるとか。
シチュエーションは布団をちゃんと描いて寝起きだとわかりやすくするなど
アングルや見せ方などに工夫が必要なのではないでしょうか？

セルアさま、こんにちは。

今気づいたんですが、「がくぽの記号」としてヘッドセット(耳当ての様なヤツ)を描いてやると『がくぽ？でも子供だ』とイメージを誘導しやすいかも知れませんね (元絵では“長い紫の髪”しか“がくぽの記号”がありませんので……。しかも、少年化するなら髪は短い方がイイかも知れません)。

背景はとりあえず横に置いといた方がイイかと思います。まずは(メインの)人物の練習……ですネ＾＾

眉を太くかくのはどうでしょうか？
自分の場合
女の子は一本線の眉（あなた様の描き方と一緒のです）
男の子は太い輪郭線のある眉（たとえばFree！とかでしょうか）

と、まったくべつのもとしてかいています
ショタっぽくみえない場合は
とりあえず眉を吊り上げたりドSっぽそうなｼｮﾀをかくのもいいんじゃないでしょうか？
それを徐々にならして、可愛めのｼｮﾀに挑戦するのもいいとおもいますー

細かい髪なら少女漫画を真似てやるといいと思います
がんばってね