犯罪組織マジェコンヌが消滅した時点から1年後。

ゲーム業界のあちこちに出没するモンスターたちと様々な奇怪な手法として登場したコピーツールの影響により、

被害が深刻だったゲーム業界は、かつての姿を取り戻した。

「......予期せぬ状況に皆が巻き込まれるより、私一人やられる方がいい。」

しかし、多く倒した事にも関わらず、いまだにあちこちで発見されたモンスターとコピーツールのために忙しい日々を送っていながらも、

すべての女神とその弟は以前に比べて、平和で静かになった日々を満喫していた。

ところがある日、プラネプテューヌ敎会近所の公園で遊んでいたネプテューヌとノワールが突然行方不明になってしまう。

「言葉はそのように言いましたが、正直不安なんです。ご無事でしたらいいのに.......」

予期せぬ状況にベールとブラン、女神候補生たちは、消えた二人を見つけるために、四方八方探し回りしたが、徒労であった。

そんな中、プラネプテューヌ諜報部が、偶然二人が業界の墓地にあることを知り、

「大丈夫...。いつもお前に迷惑ばかり、かけてはいられないんだから.......」

その言葉を聞いた女神たちは、すぐに二人を探しに出る。

二人はいったい、なぜ、何のためにその事件の終わりを告げた、そこにあったのか？

「ネ......ネプテューヌ...？ネプテューヌ...なの......？」

犯罪組織マジェコンヌの存在感で、その実体が隠されていた別の第3の勢力。

「メガミ、女神を......全部...殺してやる......！」

──第3の勢力と敵対する女神たちの物語。

まもなく始まる。