超巨大スペースコロニー「ギャラクシーフロンティア」にある全寮制銀河学園高等部。そこのパイロット養成科では各惑星から選抜された生徒たちがミクロスパイロットを目指して厳しい訓練、教育を受けていた。

ミクロスとは通常は腰のホルスターに格納されているが叩くと飛び出し、人が搭乗できるくらいの大きさになり惑星の大気圏内から宇宙まで自由に飛べる可変型戦闘機なのである！　そして再び小型化してホルスタ―に格納できる。これにより戦闘機の持ち運びが飛躍的にUPし、銀河全体の治安は格段に向上した。この学園の生徒たちは銀河全体の安全を守る為ミクロスパイロットを目指すのだ。（笑）ちなみに学生時代のドテチン（ドカン星出身）はこの高校の整備科に通っていた。

にゃん娘はネコニャン星の貧しい家の大家族の出身で長女。父親の稼ぎが悪くいつも二人の弟は腹をすかしていた。可愛い弟たちのためにゃん娘は選抜試験を受け、見事ネコニャン星の代表に選ばれ銀河高校に入学した。しかし学校ではいつも成績最下位。うーむ、ネコニャン星のレベルが低いんだな。（苦笑）果たしてにゃん娘はトップパイロトににゃれるか？　にゃん娘、「トップをにゃらえ！」（笑）